Как запускать скрипт через cron в коробке

В cron нужны абсолютные пути: текущий каталог там может отличаться от каталога скрипта. Сам PHP-файл должен подготовить CLI-контекст и подключить пролог.

*/5 * * * * /usr/bin/php /home/bitrix/www/local/tools/sync.php >> /home/bitrix/sync.log 2>&1

Это пример для задания пользователя, у которого есть доступ к файлам портала. Пути к PHP, сайту и журналу замените на свои; журнал размещён вне публичного каталога.

Сначала выполните ту же команду от того же пользователя вручную. Затем убедитесь, что следующий запуск не начинается поверх ещё работающего: для долгой синхронизации нужна блокировка.

Подключение пролога в CLI — отдельная часть настройки. Запуск собственного скрипта не заменяет штатное выполнение агентов портала.