Где хранить свои PHP-скрипты в коробке

Одноразовую консольную команду, обработчик HTTP-запроса и библиотечный класс лучше размещать по-разному. У них разные точки входа и требования к доступу.

Для команд проекта можно использовать отдельный CLI-каталог вне публичного корня. Если скрипт всё же лежит в /local/tools, запретите запуск через HTTP либо реализуйте полноценную авторизацию обработчика.

Классы повторно используемой логики удобно держать в lib собственного модуля. В init.php оставляют регистрацию обработчиков и небольшие подключения; саму обработку большого импорта туда помещать не нужно.

Файлы /bitrix/modules принадлежат продукту. Свой модуль размещайте в /local/modules, чтобы обновление ядра не затёрло его код.