Как запускать PHP-код разово через php_command_line.php

/bitrix/admin/php_command_line.php — административная страница выполнения PHP, а не системная CLI-команда. Код запускается в веб-запросе с ограничениями его времени и памяти.

Для чтения одной сделки после подключения crm достаточно:

\Bitrix\Main\Loader::includeModule('crm');
$deal = \Bitrix\Crm\DealTable::getById(123)->fetch();
print_r($deal);

В поле выполнения вводят PHP-код без открывающего <?php. Помните, что ORM-выборка выполняется в административном контексте и не воспроизводит права обычного сотрудника.

Для массовой миграции эта страница неудобна: обновление вкладки может повторить запись, а обрыв запроса оставит работу посередине. Такой сценарий лучше оформить отдельной CLI-командой с порциями и сохранённой точкой продолжения.

После разовой проверки удалите временный код из доступных страниц проекта. Сам результат с данными клиентов тоже не стоит переносить в публичный журнал.